CEPOS modtager som princip ikke støtte fra det offentlige eller politiske partier, men finansieres udelukkende af donationer fra privatpersoner, fonde og virksomheder, der bakker op om arbejdet. For at sikre uafhængighed må ingen enkeltdonor bidrage med mere end 15 procent af de samlede årlige donationer, og organisationen tilstræber en bred spredning af bidrag. Alle donationer værdsættes, da mange mindre bidrag tilsammen gør en stor forskel for arbejdet for et friere og rigere Danmark. Som forskningsorganisation er donationer fradragsberettigede uanset beløb, og indberetning til SKAT sker automatisk ved oplysning af CPR-nummer.